Team Magma                    und                                   Team Aqua :

Team Magma will einen Vulkan ausbrechen lassen,um damit die ganze Erde in ein riesiges Land zu verwandeln,denn sie lieben Landpokémon und hassen Wasserpokémon.Deswegen sollen für die Landpokémon alle Wasserflächen (Seen,Flüsse usw.) zu Land werden.Team Aqua ist in dieser Edition der Gegner von Team Magma und möchte das verhindern,weil sie die Wasserpokémon lieben und die Landpokémon hassen.In der Saphir Edition versucht Team Aqua,das ganze Land zu überschwämmen,damit die Wasserpokémon mehr Platz haben.In dieser Edition will Team Magma das verhindern und darum sind sie sozusagen"die Guten" in Pokémon Saphir,während wiederum Team Magma "die Guten" in Pokémon Rubin sind.